Главная / Карточка организации/ Карточка вакансии

Вакансия ID VAC_78237

статус: ПУБЛИКАЦИЯ ИТОГОВ ПРОСРОЧЕНА
начало приема заявок: 07.05.2021 14:00
окончание приема заявок: 08.06.2021 14:00
дата проведения конкурса: 09.06.2021 12:00
Организация:
Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр эндокринологии" Министерства здравоохранения Российской Федерации
Должность:
Научный сотрудник
Лаборатория цифровых технологий и искусственного интеллекта
Отрасль науки:
Фундаментальная медицина
Деятельность:
Проведение исследования
Трудовые функции:
Выбор методов решения отдельных задач исследований
Обрабатывать данные полногеномного и полноэкзомного секвенирования (Whole-genome Sequencing, Whole-Exome Sequencing а также транскриптомных данных). Разработка пайплайнов-автоматизации обработки данных из сырых ридов (fq.gz) вплоть до аннотированного .vcf файла (аннотационные пакеты VEP, Annovar, SnpEFF, Jannovar и т.п.). Написание рабочих скриптов поддержки в #bash, Common Workflow Language и его поддержки Cromwell (WDL). Сборка метрик (ProxMox, параллелизации процессов, выстраивание очередей параллелизации в Slurm). Разворачивание платформам миграций данных Arvados, Taverna, Galaxy. Выявление различных типов мутаций в геноме/экзоме гермлайнов - SNP, Indels, струтурных вариантов - SV (Structure variation), вариантов множественной копийности - CNV (Copy number variation). Соматических мутаций (опухоль/норма) и их взаимосвязях с другими метаболическими уровнями - протеом, липидом, метаболом. (Cytoscape, ClueGo, String, KEGG, BioPlex, GeneMania). Проведение геномного аннотирования с построеним метаболических нетворков с их помощью на основе баз данных Clinvar, Gwas Catalog, dbNSFP и др. Работа с транскриптомами животных (РНК пайплайны от fastq до финальных файлов - Hisat2, Star-mapper Stringtie, Featurecount). Составление моделей логистической регрессии в пакетах машинного обучения на R, Plink, Gemma, Tassel. Проведение GWAS анализа больших выборок с помощью метода случайных лесов (машинное обучение ML-RF).
Трудовая деятельность:
Разрабатывать методики решения отдельных задач исследования
Требования к кандидату: Законченное высшее образование. Степень кандидата наук. Опыт обработки и интерпретации данных полногеномного секвенирования и транскриптомов. Опыт работы с Single-Cell транскриптомикой (10X). Знание Linux-shell – как неотъемлемое требование. Знание хотя бы одного языка с динамической типизацией (например Python или R, и иметь представление об используемых ими библиотеках. Представление об алгоритмах машинного обучения (GBM, RF etc.) и применения этих моделей на практике. Английский на уровне Intermeditate и выше. Навыки исследования генома человека на больших популяционных выборках. Самостоятельное проведение исследований ассоциаций генотип-фенотип (полногеномных ассоциативных исследований - GWAS) и расчёта рисков развития различных патологий. Знание современных статистических методов и инструментов для анализа полногеномных и транскриптомных данных и фенотипических ассоциаций. Подготовка и написание научных публикаций. Знание методик аннотаций геномных и экзомных данных. Умение работать с распределёнными вычислениями и большими объёмами данных. Знание систем параллелизации и виртуализации программного обеспечения. Опыт работы с большими объёмами данных (>100Тb) работы с базами фенотипическими базами ЛИС, создание фенотипических БД на основе PostgreSQL, MongoDB, создание баз данных на Apache Spark для хранения генетической информации на Hadoop кластере. Опыт установки и настройки платформ обработки генетической информации (Apache Databricks - GLOW, Hail, ADAM). Разворачивание контейнеров Docker.
Регион:
Москва
Населенный пункт:
Москва Москва

Требования к кандидату

Вакансия для выпускников вузов:
Нет
Результаты интеллектуальной деятельности:
Использование результов интеллектуальной деятельности:
Ученая степень и звание:
Опыт развития организации:
Прочие требования к кандидату:

Заработная плата

ДОЛЖНОСТНОЙ ОКЛАД:
65 000 руб.
СТАВКА:
0,5
СТИМУЛИРУЮЩИЕ ВЫПЛАТЫ:
0 руб.
ЕЖЕМЕСЯЧНОЕ ПРЕМИРОВАНИЕ:
0 руб.
ГОДОВОЕ ПРЕМИРОВАНИЕ:
0 руб.
УСЛОВИЯ ПРЕМИРОВАНИЯ:

Социальный пакет

ЖИЛЬЕ:
ПРОЕЗД:
ОТДЫХ:
МЕДИЦИНСКОЕ ОБСЛУЖИВАНИЕ И СТРАХОВАНИЕ ОТ НЕСЧАСТНЫХ СЛУЧАЕВ НА ПРОИЗВОДСТВЕ:
СТАЖИРОВКИ И ПОВЫШЕНИЕ КВАЛИФИКАЦИИ:
ДРУГОЕ:

Контактная информация

ФАМИЛИЯ, ИМЯ, ОТЧЕСТВО:
Щекочихин Николай Алексеевич
E-MAIL:
shchekochikhin.n@endocrincentr.ru
ТЕЛЕФОН:
+7 (499) 124-34-22
ДОПОЛНИТЕЛЬНО:

Документы необходимые для участия в конкурсе на замещение должностей научных работников опубликованы на официальном сайте ФГБУ «НМИЦ эндокринологии» Минздрава России www.endocrincentr.ru, в разделе «Конкурс на замещение должностей научных работников».

loader
идёт загрузка